Dragon Ball 3: Gokuden เล่าเรื่องราวของดราก้อนบอลตั้งแต่ช่วงต้นเรื่องไปจนถึงการต่อสู้กับ Piccolo Jr. ตัวเอกหลักคือ Goku ทั้งในช่วงวัยเด็กและตอนโต แม้ว่า Krillin และ Yamcha จะสามารถเล่นได้ช่วงสั้น ๆ

ในเกมมีการดัดแปลงเนื้อเรื่องจากต้นฉบับหลายจุด เช่น

• โกคูสามารถได้รับ Baby Gamera จาก Master Roshi แทน Flying Nimbus

• กลุ่ม Rabbit Mob โจมตี West City แทนหมู่บ้านกลางทะเลทราย

• General Blue เป็นบอสของ Muscle Tower และลักพาตัว Upa เพราะเขาไม่ยอมบอกตำแหน่งดราก้อนบอลใน Sacred Land of Korin

   

• ตัวละคร General White ไม่ปรากฏในเกม

   

• ผู้เล่นจะไม่ได้ไปที่ Pirate Cave หรือ Penguin Village และ Bora ก็ไม่ถูกฆ่า

   

• Mercenary Tao จะถูกสู้ที่สำนักงานใหญ่ของ Red Ribbon Army

   

• Staff Officer Black ไม่ได้ฆ่า Commander Red

• ที่วังของ Fortuneteller Baba จะมีนักสู้เพียง 3 คนให้ต่อสู้

• แก๊งของ Emperor Pilaf จะไม่รวมร่างเป็นเครื่องจักร Pilaf Machine

• King Piccolo ปรากฏตัวในสภาพหนุ่มแล้ว จึงไม่ได้เรียกหรือฆ่า Shenron

• Piano สามารถแปลงร่างเป็นโกคูแล้วต่อสู้กับเขาได้

• โกคูสามารถไปที่ Fire Mountain ก่อนการแข่ง World Martial Arts Tournament (23rd) และสัญญากับ Chi-Chi ว่าจะแต่งงานกับเธอหลังจบทัวร์นาเมนต์ (แม้ว่าโกคูจะยังไม่เข้าใจความหมายของคำว่า “แต่งงาน” ดี และคิดว่ามันเกี่ยวกับอาหาร)

ในตอนจบของเกม ผู้เล่นสามารถต่อสู้กับ Raditz และ Arale Norimaki ได้ โดยต้องกดปุ่ม A ตอนที่การ์ดของพวกเขาถูกเปิดในช่วงเครดิตของเกม 🎮